الاف القضايا الجمركية قابعة في ادراج المحاكم فيما يعرف بقضية مسؤول الوكيل البحري عن محتويات المواد المنقولة وينظر فيها امام القضاء ومايتبعها من حجز املاك وغيره من الاجراءات ترخي بظلالها سلبا على عمل الوكالات البحرية ورغم عشرات الاجتماعات واللجان التي شكلت للنظر في القضية ،لم يتم الوصول الى نتيجة.
وفي بحث عن الامر تبين عدد من النقاط اوضحها :
- لم يرد في قانون الجمارك القديم رقم \9\ لعام 1975 اسم الوكيل البحري في عداد المسؤولين عن مخالفات النقص في الحمولة المادة 41 ،بينما نص قانون الجمارك الحديث رقم \38\لعام 2006 وفي المادة\56\منه على مسؤولية الوكلاء البحريين عن مخالفات النقص في الحمولة.
-هنالك تناقض واضح بين نص المادة(56)جمارك حديث ونص المادة(224)منه التي حددت الجهات المشمولة بالمسؤولية ولم يرد من ضمنها الوكالات البحرية وان نص هذه المادة يتطابق مع نص المادة\209\ قانون جمارك قديم وهذا ماأكده كتاب المديرية العامة للجمارك رقم\890\ق.ع\2000 تاريخ 15\12\2003 والذي قضى بعدم ملاحقة الوكيل البحري بصفته الشخصية في الدعاوى مالم يكن متعهدا او كفيلا او مزورا وان الادعاء عليه امام المحكمة الجمركية على اساس وكيل بحري.
-المادة\208\ من قانون الجمارك القديم اعفت من المسؤولية من اثبت انه لم يرتكب اي فعل من الافعال التي كونت المخالفة او كانت سببا في وقوعها او ادت الى ارتكابها ونص هذه المادة يتطابق مع نص المادة\223\ قانون جمارك حديث.
-الاجتهاد القضائي استقر منذ امد بعيد على انتفاء مسؤولية الوكيل البحري عن مخالفات المانفست مالم يكن متعهدا او كفيلا وهنالك العديد من القرارات التي تؤكد ان مهمة الوكيل البحري تقتصر على تقديم المانفيست الى الجمارك والمرفأ ولايسأل عم مخالفات بيان الحمولة.
-الوكيل البحري لايشارك في اعداد المانفست الاصلي وانما يقوم بترجمته مطابقا للاصلي وهو مايسمى بالمانفست الموحد.
-الجمارك حتى الان لاتطبق التعليمات الصادرة عنها تنفيذا لقانون الجمارك سواء فيما يتعلق بأحكام المادة\64\جمارك قديم والمادة\79\قانون جمارك حديث وكذلك الامر بالنسبة للحاويات التي نصت عليها المادة\53\من قانون الجمارك القديم والمادة\79\قانون جمارك حديث والتعليمات الصادرة عن الجمارك بهذا الخصوص.
-قامت الجمارك بالضغط على الوكيل البحري من خلال تطبيق مذكرة مديرية التشريع والشؤون القانونية رقم 7584\7602\ت\2003 والتي نصت في الفقرة \5\بأن الوكيل البحري مسؤولا مع ربابنة السفن عن النقص وفقا للمادة \41\من قانون الجمارك القديم ،كما قام امين جمارك طرطوس بأصدار تعميم الى جميع الوكالات تاريخ 29\6\2004 يوجب تقديم تعهد سنوي عن كل باخرة يمثلها يتضمن مسؤوليته عن المخالفات الناجمة عن المانفيست  ..هذا الاجراء لاينسجم مع القانون فهو تعهد اذعان،حيث ان القانون القديم بالمادة\204\والجديد بالمادة \219\اجاز للمدير العام ام من يفوضه اجراء التسويات قبل اكتساب  حكم الدرجة القطعية.
مطالبات عديدة تؤكد على ضرورة الغاء مذكرة مديرية التشريع للاسباب المذكورة سابقا والتأكيد على عدم مسؤولية الوكيل البري استنادا الى القاعدة الفقهية التي تنص على ان القانون الخاص يقيد القانون العام وبالتالي يقيد كل مايصدر عن الجهات الاخرى،ومن هنا فقانون التجاري البحري رقم\46\لعام 2006 اكد على عدم مسؤولية الوكيل البحري،حيث نصت المادة\171\منه بعدم مسؤولية الوكيل البحري تجاه الشاحن او المرسل اليهم عن تلف او هلاك البضاعة التي يتسلمها لشحنها في السفينة او التي يتولى تفريغها ،الا عن خطأه الشخصي او خطأ تابعيه.